정부 R&D 조세지원의 한계와 직접지원 구조로의 전략적 전환

본 보고서는 기업의 R&D 활동을 촉진하기 위한 세액공제 제도의 한계를 분석하고, 이를 바탕으로 산업 생태계 기반의 직접지원 구조로 전환하는 정책방향을 제시했다.

보고서는 정부가 산업·기술 경쟁력 확보를 위해, 특정 R&D 활동에 대해 정부가 사전적으로 재정을 투입하는 방식(직접 보조금 등)인 직접적 재정지원과, R&D 지출 이후 사후적으로 세제 혜택을 부여하는 간접적 조세지원을 병행해 왔다면서, 글로벌 기술경쟁 심화, 산업구조의 전략화, 첨단기술 중심의 패러다임 변화 등으로 현행 R&D 조세지원 방식의 정책적 적합성에 대해 근본적으로 재검토할 필요성을 제기했다.

보고서에 따르면, R&D 조세지출은 전체적으로는 연구·인력개발비 중심의 지원 구조가 고착화되어 있으며, 기업 규모·업종·기술 범주에 따라 조세지원의 활용 패턴과 수혜 규모에 뚜렷한 차이를 보였다. 특히 연구·인력개발비에 대한 세액공제가 R&D 조세지출 전체에서 압도적인 비중을 차지하는 것으로 나타났는데, 최근 5년간(2020~2024년) 해당 공제액은 전체 R&D 조세지출의 84~91% 수준에 달했다. 소득금액 규모별 신고 현황에서 중소기업은 소득금액 10억원 이하 구간에서 전체의 81.0%가 집중된 반면, 일반기업은 소득금액 100억원 초과 500억원 이하 구간에서 38.5%로 가장 높은 비중을 보였다. 평균 신고액 역시 중소기업은 10억원 이하 구간에서 약 1,500만원 수준이었던 데 반해, 일반기업은 소득금액 500억원 초과 구간에서 평균 37억원을 기록하며 기업 규모에 따른 세액공제 활용 수준의 뚜렷한 차이가 확인되었다. 기술 범주별로는, 일반 분야에서 중소기업의 세액공제 규모가 상대적으로 크게 나타난 반면, 신성장·원천기술과 국가전략기술 분야에서는 일반기업이 중소기업에 비해 월등히 큰 규모의 공제를 적용받았다. 특히 2023년 국가전략기술의 경우 중소기업 신고 총액이 32억원 수준이었던 데 반해, 일반기업은 1조 1,936억원에 달하는 등 기술 특성에 따른 기업 간 수혜 격차가 매우 크게 나타났다고 보고서는 분석했다.

(출처: 국회미래연구원)